Der Kauf und Verzehr von Thunfisch aus der Dose ist immer wieder Gegenstand massiver Kritik: Umweltschützer verweisen immer wieder darauf, dass mit dem Fischen von Thun große Mengen an Beifang verbunden sind. Und oft sind es bedrohte Tümmlerarten und Delfine, die sich in den kilometerlangen Fangnetzen verheddern und in ihnen qualvoll zu Grunde gehen. Nach Angaben von Greenpeace ist aber auch der Thunfisch selbst nicht unbedenklich zum Verzehr geeignet. Denn oft seien es nicht die angegebenen Arten, die sich tatsächlich in der Dose befänden. Immer wieder werden nach Angaben der Tierschutzorganisation auch bedrohte Thunfisch-Arten gefangen und zum Verzehr aufbereitet. Betroffen ist zum Beispiel der Gelbflossen-Thun. Damit werde nicht nur der gewünschte Echte Bonito gefangen. Auch Großaugen- und Gelbflossen- Thunfische, die dem Echten Bonito ähnelten, gingen nach Greenpeace-Erkenntnissen ins Netz.
In der EU ist es verboten, mehrere Fischsorten in einer Dose zu vermengen ohne das entsprechend zu kennzeichnen. Nach Recherchebefunden von Greenpeace geschehe aber genau das relativ häufig.